UMK tworzy 17 wydziałów: Biologii i Ochrony Środowiska; Chemii; Filologiczny; Fizyki, Astronomii i Informatyki Stosowanej; Humanistyczny; Matematyki i Informatyki; Nauk Ekonomicznych i Zarządzania; Nauk Historycznych; Nauk o Ziemi; Nauk Pedagogicznych; Politologii i Studiów Międzynarodowych; Prawa i Administracji; Sztuk Pięknych; Teologiczny i trzy wydziały Collegium Medicum w Bydgoszczy: Lekarski, Farmaceutyczny oraz Nauk o Zdrowiu. Dwanaście wydziałów posiada uprawnienia do nadawania stopnia naukowego doktora, a jedenaście - doktora habilitowanego.